Brussels Airlines fue crada por la fusión de SN Brussels Airlines (SNBA) y Virgin Express. El 7 de noviembre de 2006, el nuevo nombre, Brussels Airlines, fue anunciado en una conferencia de prensa en el Aeropuerto de Bruselas-Zaventem. Brussels Airlines inició sus operaciones el 25 de marzo de 2007.
La aerolínea espera acaparar al menos el 55 % del mercado del Aeropuerto de Bruselas-Zaventem. Brussels Airlines sumará destinos de largo alcance, especialmente a Norteamérica, e intentará reforzar su posicionamiento de la aerolínea en África.